Крис Касперски:

    Skype — это чёрный ящик с многоуровневой системой шифрования, напичканного антиотладочными приемами исполняемого файла, считывающий с компьютера конфиденциальную информацию и передающий ее в сеть по закрытому протоколу. Последний обходит брандмауэры и сурово маскирует свой трафик, препятствуя его блокированию. Все это превращает Skype в идеального переносчика вирусов, червей и дронов, создающих свои собственные распределенные сети внутри Skype-сети. …
 
    Skype активно изучается в хакерских лабораториях и security-организациях по всему миру, и большинство исследователей единодушно сходятся во мнении, что Skype — это дьявольски хитрая программа, написанная бесспорно талантливыми людьми в стиле Black Magic Art. Skype не брезгует грязными трюками, создающими огромные проблемы

phasma

исходники скайпа деобфусцированы. Скоро должны будут выложить спеки на протокол последний.